全基因组测序 全外显子测序 HLA分型 |
全基因组测序（WGS）
Ι 背景介绍
全基因组测序（Whole Genome Sequencing，WGS）是指借助新一代高通量测序技术平台（Next-generation sequencing,NGS）对人类/动植物单体或群体进行全基因组水平测序，可全面挖掘个体或群体间DNA水平存在的单核苷酸遗传变异、拷贝数变异、大片段变异等异常信息，为遗传疾病、肿瘤研究提供重要生物学信息。
Ⅱ 样本准备
样本类型 | 送组织样量要求 | 备注 |
组织 | 黄豆大小1～2粒； 约10~20mg | 手术组织生理盐水冲洗，剔除非目的组织和结缔组织，切割样本请于冰上进行，而后建议置于1.5mL冻存管中液氮速冻转-80℃/RNAlater保存 |
FFPE贴片/卷片 | 厚度5~10um，面积>1cm2 ；10-20张 | |
细胞 | 细胞总数≥1x107 | 生长状态良好的悬浮细胞或贴壁细胞，取下后PBS冲洗1次。 |
| 唾液 | 4mL | 唾液采集管采集 |
抗凝全血 | 抗凝全血≥2-4mL | 不要用肝素钠管子！ |
| 单细胞 | 200ul的PCR管，UV预先照射处理20min | 专用保存裂解液，提前邮寄至样本准备处。 |
送DNA | ≥1μg | 将新鲜取下的样本，清洗掉杂质，切成小块并置于1.5mL冻存管中，液氮速冻，放入-80 ℃冰箱保存。 |
注：微量样本请参考我公司微量单细胞转录组测序内容；石蜡样本不接
Ⅲ 避坑指南
（1）The better the sample, the better the result；The worse the sample, the worse the result
（2）同组内保证样本生物学重复≥3，建议3-5例（注意，非技术重复！）
否则可能会遇到审稿人问：How was the statistical analysis possible with only 1/2 biological replications?
（3）
（4）
Ⅳ 项目流程
V 部分结果展示
全外显子组测序（WES）
Ι 背景介绍
全外显子组测序（Whole Exome Sequencing，WES）是指，利用探针杂交富集外显子区域的基因组序列，结合高通量测序检测与蛋白质功能变异相关遗传突变的技术手段。相比于全基因组测序，外显子组测序更高深度、更加经济、高效。为遗传疾病、肿瘤研究提供重要生物学信息。
Ⅱ 样本准备
| 样本类型 | 送组织样量要求 | 备注 |
| 组织 | 黄豆大小1～2粒； 约10~20mg | 手术组织生理盐水冲洗，剔除非目的组织和结缔组织，切割样本请于冰上进行，而后建议置于1.5mL冻存管中液氮速冻转-80℃/RNAlater保存 |
FFPE贴片/卷片 | 厚度5~10um，面积>1cm2 ；10-20张 | |
| 细胞 | 细胞总数≥1x107 | 生长状态良好的悬浮细胞或贴壁细胞，取下后PBS冲洗1次。 |
| 唾液 | 4mL | 唾液采集管采集 |
| 抗凝全血 | 抗凝全血≥2-4mL | 不要用肝素钠管子！ |
| 送DNA | ≥500ng | 将新鲜取下的样本，清洗掉杂质，切成小块并置于1.5mL冻存管中，液氮速冻，放入-80 ℃冰箱保存。 |
Ⅲ 避坑指南
（1）探针选择：我公司人类/小鼠外显子探针均为安捷伦品牌，人类为安捷伦V6探针。
（2）遗传疾病/慢病设计入组：同组注意表型一致，建议采集健康人群PBMC作为对照，尤其是计算CNV时，可作为基线数据。
（3）肿瘤组织样本：请务必收集同一患者癌组织+癌旁（全血对照）。肿瘤基因组研究大多围绕Somatic mutations，因人类个体差异大，若没有癌旁/全血做对照，使用公开数据库，获得的突变情况假阳性/假阴性不好判断！
（4）能-80℃/液氮冻存，尽量不要福尔马林/酒精、甲醛固定。甲醛引入A to T的突变，酒精会导致DNA难提取。
Ⅳ 项目流程
V 部分结果展示
HLA分型检测
Ι 背景介绍
HLA（人类白细胞抗原）分型检测技术是一种用于鉴定人类白细胞抗原（HLA）基因型的实验室技术。HLA基因位于人类第6号染色体上，编码的主要组织相容性复合体（MHC）蛋白在免疫系统中起着关键作用。HLA分型检测技术通过分析这些基因的多态性，确定个体的HLA类型，广泛应用于器官移植、骨髓移植、疾病关联研究以及法医学等领域。
HLA基因簇位于染色体6p21.3区段，长度约3.4 Mb，包含200多个基因。根据基因产物的结构、功能、以及细胞分布等因素，将HLA基因分成了3大类。
Ⅱ 样本准备
| 样本类型 | 送组织样量要求 | 备注 |
| 组织 | 黄豆大小1～2粒； 约10~20mg | 手术组织生理盐水冲洗，剔除非目的组织和结缔组织，切割样本请于冰上进行，而后建议置于1.5mL冻存管中液氮速冻转-80℃保存 |
FFPE贴片/卷片 | 厚度5~10um，面积>1cm2 ；10-20张 | |
| 细胞 | 细胞总数≥1x107 | 生长状态良好的悬浮细胞或贴壁细胞，取下后PBS冲洗1次，离心去上清后液氮速冻转-80℃保存运输 |
| 唾液/口腔拭子 | 4mL | 唾液采集管采集/口腔拭子在脸颊内部旋转剐蹭40次。液氮速冻转-80℃保存运输 |
| 抗凝全血 | 抗凝全血≥2-4mL | 请使用EDTA抗凝管，不要用肝素钠管子！ |
| 单细胞 | 200ul的PCR管，UV预先照射处理20min | 专用保存裂解液，提前邮寄至样本准备处。 |
| 送DNA | ≥500ng | DNA浓度＞50ng/ul，体积＞25ul。置于1.5mL冻存管中，液氮速冻，放入-80 ℃冰箱保存。 |
注：HLA仅限人类样本
Ⅲ HLA分型检测技术比较分析
Ⅳ 项目流程
V 一图讲清HLA分型结果怎么看
HLA分型的解析度：
可以分为
1.低解析度（low resolution）：至精确到第一个数字区域，例如：A*02。
2.高解析度（high resolution）：通常精确到表达同一蛋白的一组等位基因，也就是至少包含两个数字区域 ，例如：A*02:07
3.等位解析度（Allelic resolution）：精确到该等位基因的所有位数，例如A*01:01:01:01。
4.其他解析度，例如 G-group：精确到G组（见上述特殊标3的G标记），例如：A*02:01:01G
HLA为前缀，A表示基因，使用星号*与4个数字区域进行分割。
被冒号“：”分隔的四个数字区域分别标示以下内容：
・第 1 区域：相关联的血清学HLA分型，或是该等位基因所属的等位基因组（例：A*02，A*03，A*11，C*03 等）
・第 2 区域：同一血清学 HLA 型或是等位基因组内，伴随氨基酸变异的等位基因（亚型）（例：A*02:02，A*02:04，A*02:07等）
・第 3 区域：不伴随氨基酸变异的等位基因（同义置换：synonymous DNA substitution）（例：A*02:01:02，A*02:01:03，A*02:01:04 等）
・第 4 区域：非编码区域伴随碱基置换的等位基因（例：A*02:01:01:01，A*02:01:01:02L，A*02:01:01:03 等）
注：一些特殊标记：
存在两种以上等位基因无法判定时使用 / 分隔，例如 ：HLA-DRB1*15/16
无法判定的等位基因过多时，使用+表示省略，例如：HLA-DRB1*15:01/16:01/+
表示肽链结合区（HLA class I：exon2 和3，HLA class II ：exon2）的不确定性时，
氨基酸序列（P），或是碱基序列（G）一致的等位基因，在末尾添加P或G表示。
例如：A02:01:01:01/02:01:01:02L/02:01:01:03/02:01:02/02:01:03/02:01:04/02:01:05/02:01:06/02:01:07/
02:01:08/02:01:09/02:01:10/02:01:11/02:01:12/02:01:13/02:01:14/02:01:15/02:01:17/02:01:18/02:01:19/
02:01:21/02:01:22/02:09/02:66/02:75/02:89/02:97/02:132/02:134/02:140 可以表示为 A02:01P
N: Null alleles 不表达的等位基因
L：Low cell surface expression 在细胞表面低表达
S：Soluble 该等位基因表达的蛋白可溶
C：Cytoplasm 表达的蛋白在细胞质
A：Aberrant 不确定是否表达
Q：Questionable 可疑的，该等位基因中的变异会影响其他等位基因的正常表达
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